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Habiendo sido transportado a la Fortaleza de la Soledad, Clark es confrontado por Jor-El, quién le dice que no puede regresar a Smallville sin antes estar preparado para salvar el planeta. También transportada a la fortaleza Chloe, es incapaz de soportar las bajas temperaturas y colapsa, lo que obliga a Clark a usar sus poderes para salvarla. Jor-El le prohíbe hacerlo, pero finalmente accede, diciéndole a Clark que debe regresar anter del atardecer o tendrá consecuencias. Mientras, Lana ve horrorizada como los dos kriptonianos que emergen de la nave descubierta tras la lluvia de meteoros. Los dos aliens destruyen lo que hay en el pueblo buscando a Kal-El.

Jor-El despoja a Clark de sus poderes haciéndolo humano. Encantado con la idea de ser “normal”, Clark inicia una relación con Lana ocultándole sus secretos.
Después Lana, Jonathan y Martha son secuestrados por tres dementes. Clark debe decidir como salvar a su familia sin sus superpoderes.

Chloe es advertida por Gabriel de que va a lanzar un misil para destruir todo en Smallville. Aun sin sus superpoderes, Clark confronta a Gabriel y este le dispara. En el hospital, Clark muere y su resurrección queda en manos de Jor-El. Mientras tanto Lex cree que Lionel tiene la llave para abrir la nave.

Una salida a la playa de Lago Crater durante el verano, se torna dramática cuando Lois golpea su cabeza justo cuando iba a saltar al agua. Antes que Clark pueda salvarla, un misterioso nadador, Aquaman, conocido como A.C llega al rescate dejando atrás a Clark. El profesor Fine le dice a Clark que Lex está detrás de una operación para vender armas. A.C intenta irrumpir en el centro marino de LuthorCorp e intenta destruir uno de los torpedos que Lex fabrica pero es capturado por éste.

Lana decide entrar a la MetU en ultimo momento y debe entrar a una fraternidad para poder conseguir donde vivir, Sin embargo su nueva fraternidad de compañeras le ofrece algo más que un lugar donde quedarse y la convierten en una vampiro para que luego mate a Clark. Mientras, Chloe entra como practicante al Diario El Planeta pero la formidable editora le exigirá más de lo que ella puede dar como periodista.

Clark y Jonathan se sorprenden cuando Jake Jennings, un Viejo amigo de Jonathan llega a la granja Kent buscando apoyo para su campaña de reelección al senado. Sin embargo una joven llamada Melissa es encontrada muerta, revelando que era una bailarina con la que Jennings andaba, haciendo que este sea el principal sospechoso. Buscando respuestas Chloe convence a Lois de entrar encubierta como bailarina exótica, pero todo se vuelve peligroso cuando ella es secuestrada por el hijo de un diplomático quien intenta venderla para la prostitución.

Clark es expuesto a la kryptonita plateada, causando que sufra alucinaciones y paranoia. La kryptonita plateada le hace cree que Chloe va a revelar su secreto, Jonathan esta aliándose en contra de el con Lionel y Lex y Lana tengan una relación en secreto. Chloe y los Kents buscan afanosamente una cura, pero el profesor Fine es quien llega al rescate de Clark, no sin tener una agenda.

Después de que Martha contrae una extraña enfermedad que le da horas de vida, Clark acude con el profesor Fine, quien lo convence a Clark que Jor-El es el responsable y la única manera de salvarla es destruyendo la fortaleza de la soledad. Sin embargo una vez que llegan a la fortaleza, el Profesor Fine intenta liberar a Zod y matar a Clark.

Lex está tratando de encontrar información que destruya la vida de Jonathan junto con Clark y Martha. Pero antes de que el decida hacerlo, Lex es herido por un disparo que lo envia a un estado de coma. El sueña que su madre lo visita y le muestra la vida que el tendria si se alejara de su padre y LuthorCorp. En esta vida alternativa, Lex está felizmente casado con Lana con un bebe en camino. Mientras tanto Chloe le pide a Clark usar sus poderes para llevar la navidad a los niños necesitados.

Jonathan Kent es amenazado para que se retire de su campaña electoral, más tarde Clark encuentra a su padre atado y golpeado, decide buscar a sus agresores, encontrando que unos seguidores de Lex están dispuestos a todo con tal de que su idolo gane las elecciones.

Lex y lana son capturados como rehenes, dos oficiales de policía que vieron aterrizar la nave espacial en la segunda lluvia de meteoritos capturan a Lex y Lana y amenazan con matarlos, salvo que Lex revele donde esta oculta la nave espacial. Mientras escapan hacia un cuarto de la mansión, Lex es alcanzado por una bala dirigida hacia Lana. Ante el temor de que Lex muera desangrado, Lana le pide que le diga a los policias la localización secreta, pero Lex confiesa que la nave ha desaparacido hace un par de semanas. Mientras tanto, Clark descubre que Lana ha estado investigando la nave espacial con Lex y tiene miedo de que ella se este acercando a descubrir su secreto.

Tal y como Jor-El le habia anunciado a Clark, alguien cercano a el fallece de la manera mas inesperada para todos, cambiando su vida para siempre.

Clark investiga sobre una chica enmascarada que salvo a su madre, ademas conoce a una compañera de trabajo de Chloe lo que desconoce es que de noche se convierte en enmascarada y lucha contra el crimen, mas adelante uniran sus fuerzas para investigar quién ataco a su madre y asi poder recuperar un bien preciado de Clark.

El espiritu de una joven es liberado de su tumba después de que un rayo golpeara el brazalete formado por kryptonita que llevaba encima, Clark encuentra el cuerpo en la pared de The talon y el espiritu entra en Chloe. Clark sigue los rastros y encuentra al asesino que ha estado acosando a mujeres en Smallville por más de 10 años.

CYBORG DE DC COMICS LLEGA A SMALLVILLE - Un comprensivo doctor libera a un sujeto mitad humano y mitad maquina llamado Victor (Artista Invitado: Lee Thompson Young) quien estaba en cautiverio y estaba siendo experimentado por Luthorcorp. Mientras hace su escape, Victor es impactado contra el carro de Lana (Kristin Kreuk). Despues de verlo caminar sin ningun rasguño Lana llama a Clark (Tom Welling) para investigar. Clark se hace amigo de Victor y promete ayudarlo a encontrar a su novia, pero Lex (Michael Rosenbaum) atrapa a Victor y lo lleva de regreso a Luthorcorp.

Lex parte en busca del profesor Milton Fine en las junglas de Honduras, mientras CLark cónoce a un chica llamada Simone que es capaz de manipular a la gente con solo pedirselo, gracias aun poderoso medallon que lleva en el cuello, Clark bajo los efectos del medallon le cuenta sobre sus poderes y ella le pide que asesine a Lex.

JONATHAN KENT REGRESA — Todavía afectada por su rompimiento con Clark (5x16 Hypnotic), Lana experimenta con un suero peligroso que le permite volver a ver a sus padres muertos de nuevo.

Un Clark Preocupado salva a Lana de herirse ella misma; sin embargo termina siendo inyectado con el suero por un ambicioso doctor, cuando Clark pierde sus signos vitales, puede hablar con su padre Jonathan recientemente muerto, quien le advierte que Lionel sabe su secreto. Entretanto Lionel continua acercandose a Martha.

Una niña que posee los poderes telequinéticos le ofrece su amistad a Clark, que descubre que el talento corre en su familia y esta relacionado a la primera lluvia de meteoritos. Lex y Lana estan más cerca y a Chloe no le agrada.

LA VIDA DE MARTHA ESTA EN PELIGRO Y SOLO LIONEL PUEDE SALVARLA - Un sicopata enmascarado (actor invitado Ian Tracey) secuestra a Lionel y orquesta una serie de elaborados juegos que Lionel debe ganar para seguir con vida. Despues Clark le dice a Martha que Lionel sabe su secreto, y ella decide confrontarlo, pero inadvertidamente cae en los juegos del sicopatá que la haran pelear por su vida.

Mientras Clark estaba en Metropolis, salva a un hombre de ser atropellado por un camión, agradecido por haberle salvado su vida quiere devolverle el favor, por desgracia ese hombre resulta ser un asesiso a sueldo con la capacidad de desvanecerse y reaparecer, decide matar a Lex pensando que sería el mejor regalo que podría hacerle a Clark. Mientras tanto Clark se enfrenta la relación de Lex con Lana.

CLARK ES VISITADO POR EL FANTASMA DE JONATHAN - Clark (Tom Welling) se asombra cuando al fantasma de su padre (John Schneider) en el cementerio, pero se vuelve mas confuso cuando Jonathan le dice que el debe matar a Lionel (John Glover). Mientras tanto, Lex (Michael Rosenbaum) fabrica una vacuna para el virus mortal de Fine (Artista Invitado: James Masters) pero Fine interviene y lo inyecta a el con la vacuna, la cual causa una chocante reaccion en Lex. Kristin Kreuk, Erica Durance, Allison Mack, y Annette O'Toole tambien protagonizan.

BRANIAC SIEMBRA EL CAOS EN EL MUNDO Y DEMANDA UN GRAN SACRIFICIO DE CLARK - Brainiac (James Masters.) libera un virus mortal que matará millones de personas y se negará a dar a Clark (Tom Welling) la vacuna a menos que él libere al General Zod. Clark recurre a Lionel (John Glover), quién una vez más será Jor-El.

Mientras tanto, Lex (Michael Rosenbaum) se asombra por sus recien adquiridos poderes que ha descubierto con Lana (Kristin Kreuk), quién decide estar de pie junto a su nuevo hombre, Lex estará desprevenido por el giro que tendra su vida, gracias a las maquinaciones de Braniac.

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